学校设有临床医学系、医技系、药学系、护理系、中医系、口腔系、医学基础部、公共基础部、思想政治理论课教学部。学校现开设临床医学、口腔医学、中医学、护理、涉外护理、助产、药学、中药、药品经营与管理、医学影像技术、医学检验技术、卫生检验与检疫技术、卫生财会统计等13个专业；设有康复类学科，开设针灸推拿、康复治疗技术、中医康复技术、健康管理等4个专业，形成了应用医学类和健康管理类学科专业体系。
   专业设置以市场经济为导向，紧盯社会经济的发展需求，省重点专业有护理专业、临床医学专业、助产专业，其中护理专业是省示范性专业、临床医学和助产专业也是中央财政支持的重点专业；口腔医学专业、中医学专业、药学专业、医学检验技术专业为省“十二五”重点建设专业。康复治疗技术专业、医学影像技术专业为校级重点建设专业。学校是教育部、卫生部等六部委发文确定的《我国护理紧缺人才培养培训基地》。护理和临床医学专业的实训基地得到中央和省级财政的重点扶持。
  东莞嘉联教育是肇庆医学高等专科学校在东莞地区的直属授权教学点。